Laboratory of Multiuser Equipment

Laboratory of Molecular Genetics - Faculty of Medical Sciences - Unicamp

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Equipment description

Sanger sequencing and genotyping: ABI 3500xL Genetic Analyzer

This equipment was acquired by CAPES post-equipment funding. Since the additional 24 capillar update by EMU-FAPESP funding, we can offer the possibitity of more sample capacity to the user. The equipment is able to analyze different types of DNA fragments with high quality. In order to use ABI 3500xL, the user should provide the reagents required to the procedure. Therefore, before schedule the equipment the user must contact Dr. Luciana by email This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it , in order to acquire the proper reagents for the sequencing or genotyping. 

SNP array hybridization oven (GeneChip®)

Este equipamento é utilizado como complemento da plataforma de microarray da Affymetrix que se encontra instalada no Laboratório Nacional de Luz Síncroton (LNLS) e que foi adquirida com recursos FAPESP em Projeto Temático específico. Atualmente os usuários da tecnologia da Affymetrix necessitam fazer esta etapa do protocolo no LNLS. No entanto, dependendo do protocolo empregado há a necessidade de congelação do material (condição não ideal) para adequação aos horários disponíveis no LNLS, visto que há protocolos que são mais laboriosos e demandam maior tempo. Com um hibridizador em nossa instituição existe uma maior flexibilização para se trabalhar com protocolos diferentes de hibridação sem a necessidade de congelar as amostras (condição ideal).

Os usuários que forem fazer experimentos de microarray devem agendar o forno de hibridização e a sala para microarray e NGS.

Laser microdissection

A microdissecção a laser permite a remoção específica de subpopulações celulares de tecidos morfologicamente preservados ou organelas e cromossomos de culturas de células. Trata-se de uma plataforma integrada que automatiza o rastreamento, a identificação, a aquisição e o manuseio das amostras sejam extraídas de modo eficiente e direcionada diretamente para as suas diferentes aplicações: DNA (sequenciamento, triagem de mutações, análise de gene único, arrays), RNA (perfil de expressão, análise de transcritos, arrays) ou PROTEÍNA ( análise pós-tradução, modificações proteína, perfis e arrays). No campo da citogenética, um único cromossomo, ou bandas de interesse podem ser isolados de maneira eficaz. O campo da genômica, transcriptoma e proteômica tem se beneficiado de resultados mais confiáveis a partir de amostras puras e homogêneas que resultam em um aumento da especificidade das análises moleculares, tanto qualitativas como quantitativas.

A microdissecção tem se mostrado uma valiosa ferramenta para análise de moléculas de interesse e a combinação desta com outras técnicas moleculares têm alavancado o conhecimento sobre os padrões de expressão específicos de cada tecido espacial e temporalmente gerando um maior conhecimento sobre os mecanismos celulares. Por esses motivos, o número de publicações usando esta ferramenta tem crescido a cada ano.

DNA, RNA, and protein quantification: QUBIT® system

O sistema Qubit® é um espectrofotômetro o qual utiliza fluoresência para quantificar amostras de DNA, RNA e proteínas, sendo mais preciso em relação a outros sistemas de quantificação.

Odissey system

O Odyssey é um equipamento que foi desenvolvido pela empresa Li-Cor Biosiciences. A grande novidade tecnológica deste aparelho é que este utiliza fluoróforos que emitem sinal no comprometimento de onda infravermelho (são dois os corantes utilizados: o IRDye 700nm e o IRDye 800nm). Esta característica resulta em um menor sinal de base/fundo (background), uma vez que é sabido que os materiais plásticos e as membranas de hibridização utilizadas rotineiramente em laboratórios de pesquisa emitem pequena quantidade de fluorescência e, ainda, podem dispersar a luz, o que influencia as análises quantitativas. Sendo assim, para a realização de experimentos com estes corantes, não há necessidade de filmes autorradiográficos e sala escura, o que resulta em economia de dinheiro e de espaço.

Outra grande vantagem deste equipamento é a sua multi-funcionalidade, pois existem inúmeras possibilidades de aplicações: Western blots, imunocitoquímica (in-cell Westerns), ensaios de mudança de mobilidade eletroforética em gel (Eletrophoretic Mobility Shift Assay - EMSA) fluorescentes, imagens de tecidos (imunohistoquímica), imagens in vivo (animais de pequeno porte) e quantificação de proteínas em larga escala (arrays de proteína). Dessa maneira é possível, com o mesmo equipamento, realizar experimentos tão diversos quanto a imunohistoquímica e o rastreamento de moléculas marcas no organismo de um animal.

Ainda em relação ás aplicações, este é um dos poucos equipamentos que permitem a realização de quantificação de proteínas em larga escala. Com a grande explosão da genômica funcional, a "proteômica funcional" surgiu como uma disciplina de grande importância, a qual vem complementar e aprofundar os resultados obtidos com técnicas de quantificação de transcritos em larga escala.

Tissue microarray

O arranjo em matriz de tecidos (Tissue Mocroarray, TMA), é uma técnica simples, mas bastante eficaz baseada na miniaturização e agrupamento ordenado de amostras teciduais para a pesquisa em larga escala. As técnicas convencionais de investigação em tecidos parafinados ou congelados são em geral de alto custo e demandam muito tempo do investigador para ser aplicada em centenas de amostras. O TMA tem sido aplicado com sucesso na investigação simultânea de centenas de frações de tecidos em uma única seção histológica. Embora o TMA tenha sido inicialmente usado na pesquisa do câncer, diferentes pesquisas básicas podem ser beneficiadas por esta tecnologia.

As principais vantagens desta técnica são:

  1. Estudo de grande número de amostras simultaneamente
  2. Uniformização das reações e portanto, facilidade na interpretação dos achados para fins de comparação
  3. Economia de reagentes e ganho de tempo durante a realização dos protocolos
  4. Utilização dos blocos em diferentes projetos

Dentre as aplicações podemos citar:

  1. Imunoistoquímica
  2. Hibridização in situ
  3. Fluorescent in situ hybridization (FISH)
  4. PCR in situ
  5. Análise de expressão gênica
  6. Ensaios de TUNEL para apoptose
  7. Caracterização morfológica de centenas de tecidos de pacientes
  8. Detectar associações genótipo-fenótipo com alto poder estatístico

O equipamento proposto neste disponível é automatizado, o que permitirá o fácil manuseio das amostras, além de contar com o software TMA Foresight para a análise e interpretação dos dados obtidos.


 

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